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Text File  |  1995-03-04  |  2.8 KB  |  58 lines
  1. ****************************************************
  2. * Sodium:dicarboxylate symporter family signatures *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. It has  been shown [1] that integral membrane proteins that mediate the intake
  6. of a  wide  variety  of  molecules  with the concomitant uptake of sodium ions
  7. (sodium symporters)  can  be  grouped, on the basis of sequence and functional
  8. similarities into  a number of distinct families. One of these families [2] is
  9. known as   the  sodium:dicarboxylate  symporter  family  (SDF)  and  currently
  10. consists of the following proteins:
  11.  
  12.  - Escherichia coli  proton-glutamate  symport   protein  (glutamate-aspartate
  13.    carrier) (gene gltP).  GltP  is  a sodium-independent carrier for glutamate
  14.    and aspartate.
  15.  - Bacillus caldotenax and stearothermophilus proton/sodium-glutamate  symport
  16.    protein (gene gltT). GltT is a sodium-dependent carrier for glutamate   and
  17.    aspartate.
  18.  - Rhizobium C4-dicarboxlate carrier (gene dctA), which is responsible for the
  19.    transport of dicarboxylates  such as succinate, fumarate, and malate.  This
  20.    transport system plays an important role in the energy supply of Rhizobium-
  21.    legume symbionts.
  22.  - Mammalian  brain  sodium-dependent  L-glutamate and aspartate high-affinity
  23.    transporters [3,4]. These   proteins  are  essential  for  terminating  the
  24.    postsynaptic action of  glutamate  by rapidly removing  released  glutamate
  25.    from the synaptic cleft.
  26.  
  27. These transporters  are  proteins of  from 420 to 573  amino acids  which  are
  28. highly hydrophobic and which probably contain  about 10 transmembrane regions.
  29. As signature patterns, we selected two conserved regions. The first pattern is
  30. located  in the  N-terminal section and  seems to include a hydrophilic region
  31. between two transmembrane regions.  The second  pattern is  located  in the C-
  32. terminal section.
  33.  
  34. -Consensus pattern: D-x(4)-G-[KR]-[LIVM]-[GA]-x-[KR]-[STA]-[LIVMA](2)-[YF](2)
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Consensus pattern: P-x-G-x-[STA]-x-N-[LIVM]-D-G-[ST]-x-[LIVM]-Y-x(2)-[LIVM]-
  39.                     A-A-[LIVM]-F-I-A-Q
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42.  
  43. -Expert(s) to contact by email: Hofmann K.O.
  44.                                 khofmann@isrec-sun1.unil.ch
  45.                                 Reizer J.
  46.                                 jreizer@ucsd.edu
  47.  
  48. -Last update: June 1994 / Text revised.
  49.  
  50. [ 1] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  51.      Submitted(1993).
  52. [ 2] Storck T., Schulte S., Hofmann K.O., Stoffel W.
  53.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:10955-10959(1992).
  54. [ 3] Kanner B.I.
  55.      FEBS Lett. 325:95-99(1993).
  56. [ 4] Kanai Y., Smith C.P., Hediger M.A.
  57.      FASEB J. 7:1450-1459(1993).
  58.